Pondok Pesantren Miftahul Huda Pesawahan dalam sejarahnya merupakan bagian dari matarantai dakwah dan penyebaran ajaran Islam diwilayah selatan pulau Jawa. Hal ini dapat dicermati dari alur penyebaran pertumbuhan pesantren-pesantren dari daerah Mataram-Purworejo-Kebumen ke barat sampai Banyumas Selatan, Cilacap Tengah dan utara terus sampai daerah Timur Selatan Jawa Barat. Banyak tumbuh pesantren dengan alur silsilah yang bertemu pada berbagai titik bersinggungan pada riwayat penyebaran dakwah Islam di wilayah ini.
Dakwah pengajaran dan pendidikan Islam di Desa Pesawahan, sebuah desa berbentuk segi panjang, dikelilingi sawah dari segala penjuru arah, berjarak 2 kilometer dari kecamatan Rawalo, disinilah KH. Muhamad Ilyas Kiai sekaligus kepala desa Pesawahan (pada saat itu) berbekal keyakinan dan ilmu agama yang sangat kuat yang diperoleh beliau dari mesantren seperti di Bogangin, Kaliwedi, Palubon Magelang mulailah sosok Ilyas berkiprah kemasyarakatan dan dakwah Islamiyah. Sampai pada akhirnya beliau dipercaya menjadi kepala desa Pesawahan dan ia jabat sampai beliau wafat.
Didirikan pada tahun 1962 Pondok Pesantren Miftahul Huda dengan Visi Terciptanya generasi alim, amilun, mandiri, terampil, berakhlakul karimah. Hal ini diwujudkan dalam kurikulum dan tenaga pengajar yang memiliki kompetensi dalam bidangnya serta dari berbagai hasil karya dan cipta yang sesuai dengan tuntutan dan kebutuhan masyarakat serta tantangan perubahan yang cepat dibidang agama, baik secara nasional maupun global. Dalam perkembangannya, Ilmu agama mengalami pertumbuhan yang sangat cepat, sehingga kebutuhan akan tenaga-tenaga ahli di bidang ini pun semakin besar. Hal ini menuntut pondok pesantren miftahul huda pesawahan untuk tetap berperan serta dalam menyediakan lulusan yang memiliki kompetensi dan keahlian di bidang yang menjadi ciri khas Pondok Pesantren Miftahul Huda Pesawahan sejak didirikan.